Более простой способ - создать аудиофайл для каждой заметки.
Чтобы воспроизвести их одновременно, вам нужно будет суммировать сигналы всех файлов. Виртуальная машина Java - не лучшая среда для этого, взгляните на API ByteBuffer, если вы хотите сделать это таким образом.