Часть Pallet, которая переводит s-выражения clojure в сценарий оболочки, называется Stevedore и доступна в виде отдельной библиотеки: https://github.com/pallet/stevedore
Документация на Pallet и Stevedore навеб-сайт Pallet не всегда может быть полным или точным (документы немного отстают от текущего кода), поэтому может потребоваться немного озадачить.
Из любопытства, какой тип сценариев оболочки вы хотели бы сделатьв Clojure?