Вам необходимо настроить способ отключения кэширования страниц. Это можно сделать с помощью инструментов разработки браузеров (IE Developer Tools, Firebug, Chrome Development Tools и т. Д.) Или с помощью конфигурации вашего сервера.
В моей работе мы используем класс Java, который берет список файлов JavaScript / CSS и добавляет время запроса в качестве даты Unix, чтобы предотвратить кэширование браузера. Затем он вставляет теги сценария на страницу, чтобы результат выглядел следующим образом:
<script type="text/javascript" src="app.js?_cb=20120319123456"></script>
Таким образом, все, к чему вы обращаетесь к странице, обновляется параметр _cb и каждый раз получает новую версию файла.
Если вы уже делаете что-то подобное и это не работает, я бы порекомендовал перейти на NetBeans. Это то, что я использую, и это прекрасно работает.