Вы можете использовать zip-файлы, но они будут видны во время работы программы; вы можете извлечь их во временный каталог, сгенерированный во время выполнения, с помощью tempfile.mkdtemp(), но отследить их все равно не составит труда.
Другим решением было бы использовать легкое шифрование или даже простое запутывание (например, ROT13 для текстовых файлов и простой xor шифр для двоичных файлов) , Это добавит некоторое время к выполнению вашей программы, поэтому убедитесь и примите это во внимание.