Укажите их всех один раз, например:
var value = ['1', '2', '3', 'n'].join(',');
document.cookie = 'key=' + value;
, где 'key=' + value
теперь будет:
key=1,2,3,n
Или, в качестве альтернативы, сначала прочитайте ваши данные из cookie и добавьте новые данные:
var keycookie = // read your cookie here
keycookie += 'new stuff';
document.cookie = 'key=' + keycookie;