Используете ли вы Elastic Beanstalk?Если так, то я бы проверил документы Amazon по этому вопросу.Я нахожу их документы AWS очень хорошими, если вы найдете подходящий для просмотра документ (навигация не так уж и хороша).
Если вы работаете в «обычном» EC2 и не используете beanstalk, то выв полный контроль над сервером, поэтому вам нужно настроить ведение журнала самостоятельно, как если бы вы работали на своем физическом сервере.В частности, убедитесь, что ваша конфигурация log4j правильная.Если вы используете Tomcat и не знакомы с ним, я полагаю, что Tomcat имеет свою собственную настройку, которую он использует для внутренней регистрации, и вы можете присвоить файлу конфигурации log4j своего приложения что-то конкретное, например, log4j_appname.xml, чтобы он неконфликт - в противном случае вы можете войти в выходной каталог Tomcat.