Как указать шаблон файла для определенного файла в команде git-update-index --remove?
git-update-index --remove
Что-то вроде
git update-index --remove -- $(git ls-files '*.c')
# for i in pattern; do git-update-index --remove $i; done
Разве что-то подобное не послужило бы вашей цели? (Однако я никогда не работал с git-update-index.)