ошибка в сборке R CMD при редактировании функции c в пакете R

Question

Я изменил функцию C в пакете phmm.Теперь я хочу пересобрать пакет, но произошла следующая ошибка.Как я могу исправить ошибку?

$ cd ~/Desktop/phmmw
$ R CMD build phmm
* checking for file ‘phmm/DESCRIPTION’ ... OK
* preparing ‘phmm’:
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* cleaning src
* installing the package to re-build vignettes
      -----------------------------------
* installing *source* package ‘phmm’ ...
** libs
*** arch - x86_64
gcc-4.2 -arch x86_64 -std=gnu99 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include/x86_64  -I/usr/local/include    -fPIC  -g -O2 -c arms.c -o arms.o
make: gcc-4.2: No such file or directory
make: *** [arms.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘phmm’
* removing ‘/private/var/folders/r0/9qv15p6j59j6jtfq775k6j380000gn/T/RtmpIPgvDE/Rinst48317ea7/phmm’
      -----------------------------------
ERROR: package installation failed

Answer 1

Ваша установка R была сконфигурирована с gcc таким образом (неоптимально), что команда gcc-4.2 была жестко зашита.

Так что вам нужно

• либо введите команду gcc-4.2, чаще всего выполняемую по символической ссылке от gcc до gcc-4.2,

• , либо измените настройку R, предположительно в файле $RHOME/etc/Makeconf, где вынужно искать CC

• или изменить его на лету, выполнив CC=gcc R CMD build phmm

Возможно, вам потребуется изменить больше, чем простоодна настройка CC, возможно CXX, LD и более.Это может быть так же просто, как и всегда удалить часть -4.2.