Пойдите для WCF, если у вас есть чистое приложение .NET к .NET. Это сделает вашу жизнь простой, когда дело доходит до создания TCP / IP, но сохраняя приятный уровень объектно-ориентированного дизайна в вашем обмене сообщениями. Это также делает безумно простым модульное тестирование кода обмена сообщениями, что, я думаю, является самым большим преимуществом.
WCF будет выполнять TCP / IP, каналы на локальной машине, а также поддерживает множество решений на основе HTTP. Вы также получаете безопасность на большинстве из них, и код выполняет большую часть обработки ошибок для вас.
Если вам нужно решение MQ, тогда получайте удовольствие. MSMQ поддерживается, но опять же, это также MSMQ.
Использование других решений выиграет от большего количества функций, но с функциями возникают сложность и риск. Я лично интегрировал приложение .Net с websphere MQ, и меня не впечатлили стоимость и преимущества этого решения. Не говоря уже о том, что производительность MQ на оборудовании, отличном от P-Series, по меньшей мере отсутствует.