Шаблоны просто настраивают ваш appDelegate с соответствующими элементами. Вы можете быстро отредактировать приложение appDelegate, но если у вас нет действительно веской причины для редактирования существующего проекта, скорее всего, будет быстрее просто воссоздать проект.
С шаблоном master-detail у appDelegate будут следующие свойства (и код в .m, реализующий их):
@property (strong, nonatomic) UIWindow *window;
@property (strong, nonatomic) UINavigationController *navigationController;
@property (strong, nonatomic) UISplitViewController *splitViewController;
Стандартный шаблон будет иметь эти (плюс код реализации):
@property (strong, nonatomic) UIWindow *window;
@property (strong, nonatomic) ViewController *viewController;
Файл реализации appDelegate также будет немного отличаться из-за NavigationController и SplitViewController в master-detail. Вы можете просто изменить эти файлы и обновить свои xib-файлы, но опять же, вероятно, так же быстро начать новый проект.