Если вы используете ansi-color, он берет цвета из вектора ansi-color-names-vector, по умолчанию:
["black" "red" "green" "yellow" "blue" "magenta" "cyan" "white"]
Вы можете настроить цвета вывода оболочки, изменив переменную ansi-color-names-vector.
Вот мой, хорошо с темой zenburn.
(setq ansi-color-names-vector
["black" "tomato" "PaleGreen2" "gold1"
"DeepSkyBlue1" "MediumOrchid1" "cyan" "white"])
Чтобы увидеть изменения, оцените следующее выражение, а следующее примите во внимание
(setq ansi-color-map (ansi-color-make-color-map))
Надеюсь, это поможет.