На этом сервере может быть запущено несколько процессов cron. Это обычно не случится. Но в любом случае подтвердите это с помощью
ps aux | grep cron
Вы можете остановить это,
/etc/init.d/cron stop
или
service cron stop
или используйте команду kill PID (не рекомендуется).
И для начала используйте старт - вместо остановки в любой из двух вышеуказанных команд.