Ваш вопрос для меня немного расплывчат, и я не могу точно понять, что вы хотите - но в любом случае попробуйте добавить параметры для include и exlude:
'include' => '',
'exclude' => ''
в вашем случае
extract(shortcode_atts(array(
'orderby' => 'menu_order ASC, ID ASC',
'id' => $post->ID,
'itemtag' => 'dl',
'icontag' => 'dt',
'captiontag' => 'dd',
'columns' => 3,
'size' => 'thumbnail',
'include' => '', // ID to include or ..
'exclude' => '' // ID to exlude or ..
), $attr));
сейчас - как я уже сказал, вопрос немного неясен относительно того, что вы пытаетесь достичь, например, где и как вы устанавливаете параметры exlude / inlcude внутри самого шорткода
Как - [gallery include = "23,39,45"] / [gallery exlude = "X, Y, Z"] или через интерфейсный плагин? .