Ответ Srinivas перезапишет (в том смысле, что он будет новой версией) файл на GitHub.
Если вы хотите обратное, то есть оставить версию на GitHub без изменений, но иметь локальную версию (в вашем рабочем дереве), которая будет всегда перезаписывать версию GitHub даже после git pull, тогда вы можете попросить ваш локальный файл: его модификации игнорируются (пока еще версионируются).
git update-index --assume-unchanged -- /path/to/your/file