Рассматривали ли вы запуск службы (FTP), которая не основана на IIS, и вы могли бы добавлять пользователей программно? Кроме того, как вы собираетесь решать проблемы синхронизации данных, когда роль перезагружается или когда вы обновляете ее? Обязательно делайте резервные копии в BLOB-объектах на регулярной основе
Лично я бы смонтировал диск VHD (Azure Drive), который фактически размещен в хранилище больших двоичных объектов, и чтобы мой FTP-сервер указывал на этот диск. Тем не менее, убедитесь, что у вас есть только один экземпляр сервера (проблема № 1), если вам не нужна надежность выше 99,9%, вы можете решить эту проблему, запустив один экземпляр. Шаг 2 - я бы реализовал управление пользователями в отношении этой программы.
Это не так просто, и я бы посоветовал против этого. Но я понимаю, что иногда ты должен это делать. Я бы решил, как я описал выше.