В конфигурации вашего проекта (в пределах ccnet.config) есть элемент <tasks>, внутри которого вы можете определять различные действия, которые выполняются при каждом запуске интеграции. В вашем случае вы бы настроили триггер, который выглядел примерно так:
<triggers>
<intervalTrigger name="continuous"
seconds="60"
buildCondition="IfModificationExists" />
</triggers>
В CruiseControl.NET есть несколько типов задач. Документация включает в себя полный список , в котором объясняется, как их использовать и какие варианты доступны.