Вопрос 1:
Метод alert
блокирует выполнение, пока пользователь не закроет его:
alert('Some message');
alert('doing something else after the first alert is closed by the user');
Вопрос 2:
используйте функцию confirm
:
if (confirm('Some message')) {
alert('Thanks for confirming');
} else {
alert('Why did you press cancel? You should have confirmed');
}