Вы можете обновить метку существующей проблемы, используя идентификатор поля «метки». Вот код, который я использую (C #):
public void LabelIssue(string issueKey, string label)
{
RemoteIssue issue = jiraSoapService.getIssue(token, issueKey);
List<RemoteFieldValue> actionParams = new List<RemoteFieldValue>();
RemoteFieldValue labels = new RemoteFieldValue { id = "labels", values = new string[] { label } };
actionParams.Add(labels);
jiraSoapService.updateIssue(token, issue.key, actionParams.ToArray());
}