Clojure.Compile.exe позволяет вам скомпилировать код Clojure для использования в CLR, поскольку clojure является скомпилированным языком:
Clojure - это скомпилированный язык - это
компилируется непосредственно в байт-код JVM, но
остается полностью динамичным.
Источник: http://clojure.org/
EDIT
Однако в этом случае мы имеем дело с портом CLR, поэтому конечный результат предназначен для запуска под .NET CLR вместо JVM.
REPL дает вам гибкость быстрого прототипирования кода без необходимости постоянно проходить процесс компиляции для проверки изменений кода.