Если вам просто нужно перенести данные как единое целое, я экспортирую ваши данные из SQL Server в виде CSV-файлов, при условии, что ваши данные не слишком сложны.
Я бы вручную создал ваши таблицы MySQL, чтобы вы могли выбирать типы данных, поскольку параметры отличаются от параметров в SQL Server.
Затем вы можете импортировать ваши CSV-файлы.