Кажется, что это работает:
SqlCeConnectionFactory sqlCeConnection =
new SqlCeConnectionFactory("System.Data.SqlServerCe.4.0",
"", "Max Database Size=4000;Persist Security Info=False;");
DbDatabase.DefaultConnectionFactory = sqlCeConnection;
DbDatabase.SetInitializer(new SampleData());
Где третий параметр - строка подключения, и вы изменяете параметр Max Database Size
, в противном случае он по умолчанию равен 256 МБ.