Если вы выполняете полную перезагрузку всей таблицы, оберните исходный код инициализации datatables в функцию. Вызовите эту функцию при загрузке страницы. При полной замене таблицы на ajax вам, вероятно, следует удалить родительский div таблицы, созданный плагином, в качестве оболочки для всех создаваемых им не DO-таблиц. Если идентификатор таблицы = "пример", идентификатор оболочки = "пример_wrapper".
Достаточно кода, скорее всего, поможет вам в этом. Есть простые способы обновить только строки, но так как запрос на полную перезагрузку таблицы, я следовал этому
function initDataTables(){
$('#myTable').datatables({/* put all current options here*/})
}
/* within ready event of pageload */
$(function(){
initDataTables();
/* all other page load code*/
});
/* use $.get to reload table */
$.get( tableUpdateUrl, data, function( returnData){
$('#myTable').parent().replaceWith(returnData);
/* re-initalize plugin*/
initDataTables();
});