Я рекомендую сохранить href, на случай, если что-то пойдет не так с открытым окном.
Вы можете просто добавить класс к каждой ссылке, которую вы добавляете в html-строку, а затем, после ее добавления, применить событие click к этому классу:
$.jGFeed('http://www.link.org/feed',
function(feeds){
if(!feeds){
alert('No network');
}
for(var i=0;i<feeds.entries.length;i++){
var entry = feeds.entries[i];
var title = entry.title;
var link = entry.link;
var html = "<ul class='pageitem'><li class='textbox'><span class='header'>" + title + "</span></li><li class='menu'><a href='" + link + "' class="external-link"><span class='name'>Read more</span><span class='arrow'></span></a></li></ul>";
$("#feedContent").append($(html));
$('.external-link').click(function() {
window.open($(this).attr('href'), 'My_Window', 'width=800,height=600');
return false;
});
}
}, 20);