Они работают, здесь они просто не имеют значения: -)
Разрешения на запись в каталог (и, кстати, 777 - плохая идея) дают вам право создавать, переименовывайте и удаляйте файлы в этом каталоге.
Если вы хотите записать в файлы, которые уже существуют, важны разрешения для файла , а некаталог.
Из ошибок, похоже, si.xml
уже существует и защищен от вас.Имея разрешения на запись в каталог, вы можете сначала удалить находящийся там файл, а затем воссоздать его, но вам, вероятно, лучше исправить разрешения для самого файла.