Вопросы, которые вам нужно будет задать и ответить для графической базы данных, аналогичны любой другой базе данных. Сколько данных? В памяти или постоянный? Как вы будете взаимодействовать с ним? Встроенный или серверный процесс? Распределенный или локализованный? Лицензирование
Несколько тысяч узлов и связей малы для графической базы данных, и большинство любых графических баз данных будут работать. Для большинства людей Neo4j - хороший выбор, но есть некоторые предостережения. Во-первых, лицензирование Neo4j может быть проблематичным во многих ситуациях. Во-вторых, визуализатор является частью серверного процесса Neo4j - это означает, что у вас будет запущен другой серверный процесс. Если вы беспокоитесь о лицензировании, вы можете проверить OrientDB , который находится под лицензией Apache и поэтому очень гибкий.
Судя по звукам, у вас довольно маленькая система, и вы можете обойтись, используя TinkerGraph , базу данных графов в памяти от Марко Родригеса и Tinkerpop хакеры. Он имеет возможность сохранять ваши данные в файл, если это необходимо, удивительно легок и, подобно Neo4j и OrientDB, поддерживает все графические инструменты из стека Tinkerpop, включая Jung Ouplemntation , который может дать вам визуализации вы хотите.