Вы можете установить атрибут id данного узла с помощью RaphaelJS ...
var c = paper.circle(10, 10, 10);
c.node.id = 'azerty';
... и стилизовать его с помощью CSS:
#azerty {/* write your CSS formatting here */}
Я думаю, вы могли бы сделать то же самое с атрибутом class вместо id (проверяется).Затем вы должны использовать .className свойство JavaScript.