Возможно, ваш каталог $ inDirectory ... не является ожидаемым каталогом, и я не уверен, но похоже, что вам не нужна конечная косая черта для dirname:
print $inDirectory::Find::name;
if ( -d $inDirectory::Find::name ) { # just grab directories, not files.
print "adding a dir\n";
$zip->addDirectory($inDirectory::Find::name);
} else {
#zip files
print "adding a file\n";
$zip->addFile($inDirectory::Find::name) != AZ_OK || print "couldn't add file \n";
}