Делать это довольно сложно, я предлагаю вам не делать этого.Я пробовал это только на небольших проектах.
Насколько я знаю, вам придется написать правильный Makefile самостоятельно (или настроить CDT для его создания), включив все пути включения, которые вам нужны для заголовков Qt,Затем вам нужно будет ссылаться на все библиотеки Qt, которые использует ваш проект.
Если вы используете мета-объектную систему Qt, вам придется запустить moc перед компиляцией и компоновкой.Moc генерирует источники C ++, которые вам нужно будет связать с другими источниками.Если вы используете GNU make, и я полагаю, что это так, то, кажется, можно автоматизировать moc, написав правильные инструкции в Makefile CDT.Для подробной информации читайте это: http://doc.qt.io/qt-5/moc.html#writing-make-rules-for-invoking.
Кстати, разве вы не можете использовать Qt Creator?