Некоторые разработчики используют для этого программу типа zip. В основном вы добавляете setup.exe, необходимые компоненты и MSI в самораспаковывающийся exe-файл, который запустит setup.exe после распаковки всего. Я думаю, что IExpress сделает это, а также сторонние инструменты, такие как WinZip.
Другие инструменты создания настроек имеют свои собственные загрузчики, которые могут включать все установочные файлы.