Вы можете написать класс, который будет автоматически преобразовывать и, следовательно, делать отступ для вашего XML.Затем просто укажите в Ant, для каких файлов XML он должен быть запущен.
Что-то, с чего можно начать:
String filePath = "test.xml";
String outputFilePath = "testOut.xml";
File xmlFile = new File(filePath);
File outputXmlFile = new File(outputFilePath);
Transformer transformer = TransformerFactory.newInstance().newTransformer();
transformer.setOutputProperty(OutputKeys.INDENT, "yes");
transformer.setOutputProperty("{http://xml.apache.org/xslt}indent-amount", "3");
StreamSource ss = new StreamSource(xmlFile);
StreamResult sr = new StreamResult(outputXmlFile);
transformer.transform(ss, sr);