Таким образом, решение в конечном итоге заключалось в том, чтобы продолжать использовать tableorter для сортировки и для зебры, а также просто независимо от «зебры» разделять нижний колонтитул, используя jQuery, добавив что-то вроде $("#tableid tr:odd").addClass("odd");
в ту же функцию готовности. Поскольку именно с этого и начинается виджет Zebra, результаты получаются точно такими же, но теперь он распространяется и на нижний колонтитул. Результирующая таблица будет соответственно полосатой по зебре, но строки, которые мы хотим зафиксировать в нижней части, останутся на месте.