Я не уверен, почему это происходит, но ты не один, чувак! Я также пробовал разные вещи, чтобы обойти это. Я написал свои собственные классы обработки конфигурации с пользовательской сериализацией. Все, что я могу вам сказать, это лучше, но теперь все еще там.
Одно из замечаний, которое я недавно сделал, заключается в том, что повреждение происходит при перезагрузке компьютера (например, из-за обновлений Windows) во время работы моего приложения.
Следующее, что нужно попробовать, это перехватить эти события завершения работы и попытаться не записывать в файл конфигурации в этой ситуации.