Что создает временные файлы "libloc_% 2f ... Builts.rds" в R? - PullRequest
Новая
       4

Что создает временные файлы "libloc_% 2f ... Builts.rds" в R?

2 голосов
/ 19 сентября 2011

Я запускаю серверный процесс в R, который часто перезапускается и использует много пакетов R. Прямо сейчас каждый перезапуск создает временный каталог, который содержит пару файлов с расширением «rds». Мне бы очень хотелось узнать, какой пакет или функция R вызывает создание этих файлов .rds (поэтому я могу отключить это). Спасибо!

Имена файлов выглядят так:

libloc_% 2fusr% 2flib% 2FR% 2flibraryVersion, приоритет, Depends, импорт, LinkingTo, предлагает, Усиливает, OS_type, лицензия, Archs, Built.rds

и начало содержимого выглядит так: 

      [,1]         [,2]                 [,3]          [,4]          [,5]                                              
 [1,] "KernSmooth" "/usr/lib/R/library" "2.23-6"      "recommended" "R (>= 2.5.0), stats"                             
 [2,] "MASS"       "/usr/lib/R/library" "7.3-13"      "recommended" "R (>= 2.13.0), grDevices, graphics, stats, utils"
 [3,] "Matrix"     "/usr/lib/R/library" "0.999375-50" "recommended" "R (>= 2.10.0), stats, methods, utils, lattice"   
 [4,] "base"       "/usr/lib/R/library" "2.13.0"      "base"        NA                                                
 [5,] "class"      "/usr/lib/R/library" "7.3-2"       "recommended" "R (>= 2.5.0), stats, utils"                      
 [6,] "compiler"   "/usr/lib/R/library" "2.13.0"      "base"        NA                                                
 [7,] "datasets"   "/usr/lib/R/library" "2.13.0"      "base"        NA                                                
 [8,] "grDevices"  "/usr/lib/R/library" "2.13.0"      "base"        NA                                                
 [9,] "graphics"   "/usr/lib/R/library" "2.13.0"      "base"        NA                                                
[10,] "grid"       "/usr/lib/R/library" "2.13.0"      "base"        NA                                                
[11,] "lattice"    "/usr/lib/R/library" "0.19-26"     "recommended" "R (>= 2.11.0)"                                   
[12,] "methods"    "/usr/lib/R/library" "2.13.0"      "base"        NA                                                
[13,] "nnet"       "/usr/lib/R/library" "7.3-1"       "recommended" "R (>= 2.5.0), stats, utils"                      
[14,] "spatial"    "/usr/lib/R/library" "7.3-2"       "recommended" "R (>= 2.5.0), graphics, stats, utils"            
[15,] "splines"    "/usr/lib/R/library" "2.13.0"      "base"        NA                                                
[16,] "stats"      "/usr/lib/R/library" "2.13.0"      "base"        NA                                                
[17,] "stats4"     "/usr/lib/R/library" "2.13.0"      "base"        "methods, graphics, stats"                        
[18,] "tcltk"      "/usr/lib/R/library" "2.13.0"      "base"        NA                                                
[19,] "tools"      "/usr/lib/R/library" "2.13.0"      "base"        NA                                                
[20,] "utils"      "/usr/lib/R/library" "2.13.0"      "base"        NA

1 Ответ

2 голосов
/ 20 сентября 2011

Похоже, файл создан installed.packages(). Проверьте источник этой функции.

Может быть, у вас есть вызов в профиле запуска (например, update.packages() при запуске сеанса)?

Вы можете включить трассировку функции saveRDS, например, добавить в .Rprofile: 

trace("saveRDS", function() print(str(head(sys.calls(),-5))))

Это напечатает (вы также можете сбросить его в файл) стек вызовов, например когда я запускаю update.packages(ask='graphics'), то на консоли я получаю: 

Tracing saveRDS(res0, dest, compress = TRUE) on entry 
List of 3
 $ : language update.packages(ask = "graphics")
 $ : language available.packages(contriburl = contriburl, method = method)
 $ : language saveRDS(res0, dest, compress = TRUE)
NULL
Tracing saveRDS(res0, dest, compress = TRUE) on entry 
List of 3
 $ : language update.packages(ask = "graphics")
 $ : language available.packages(contriburl = contriburl, method = method)
 $ : language saveRDS(res0, dest, compress = TRUE)
# ..... and few more calls ...............
...