У нас с тобой много общего. :)
Мы делаем много похожих вещей: у нас есть первые WSDL-веб-сервисы и DTO, используемые в нашем приложении. Тем не менее, мы определяем наши DTO с помощью XML-схем, чтобы мы могли добавлять к ним метаданные, которые добавляют код в сгенерированную Java с помощью плагинов JAXB. Мы намеревались использовать эти DTO на основе XSD в наших веб-службах, но по корпоративному стандарту мы были вынуждены использовать некоторые общие корпоративные XSD в наших веб-службах. Это не имело бы никакого значения - мы могли бы так же легко использовать наши DTO XSD.
Что касается вашей проблемы, у нас есть XSD для наших DTO, которых у вас нет. Если вы это сделали, то единственное, что вам нужно - предполагать, что многомодульный проект Maven - это как разрешать схемы между модулями. Мы сделали это, разветвив плагин jaxws maven и добавив в него преобразователь схемы каталога на основе CLASSPATH.
Полагаю, о том, чтобы вы создавали схемы для своих DTO, не может быть и речи? Больше я ничего не могу поделать, поскольку никогда не использовал аннотации jaxb. К сожалению.