Нет - добавление ссылки - это просто добавление ссылки. Например, если вы хотите использовать log4net, вам всегда нужно сослаться на него, а затем вручную добавить раздел конфигурации для его настройки.
Когда вы думаете об этом, это имеет смысл - никакие 2 конфигурации не являются одинаковыми, так как вы могли бы "автоматически" добавить это? Если конфигурация была одинаковой для всех этих проектов, которым необходимо ее использовать, то почему она изначально основана на настройках?