Вы имеете в виду org.eclipse.jdt.internal.core.JavaModelManager$ZipCache
?
Содержит открытые ZipFiles, когда JDT ищет классы и источник в своей модели. Любой, кому нужен доступ к содержимому банки, проходит через кеш, чтобы получить ZipFile.
В JavaModelManager есть код, который иногда очищает кэш, возможно, в ответ на события, подобные закрытию проекта.