То, что вам нужно, чтобы привыкнуть к использованию, это концепция archetypes в Maven.
Концепция похожа на готовые шаблоны шаблонов проектов, которые автоматически понимаются Maven.
mvn archetype:generate
даст вам интерактивный список всех доступных archetypes
То, что вы хотите найти, - это maven-archetype-webapp, это даст вам базовую каркасную структуру того, на что Maven ожидает веб-приложение.
Есть и другие, которые включают поддержку различных фреймворков, а что нет.
mvn archetype:generate | grep webapp
отфильтрует все варианты, которые являются webapp archetypes
Тогда это просто mvn clean package, и вы получите разобранный каталог и .war в каталоге target, вы даже можете включить автоматическое развертывание плагина Tomcat в Tomcat. Другие J2EE-серверы также поддерживаются.
Затем вы используете плагин Maven для eclipse, чтобы загрузить проект на основе файла pom.xml.
Вы можете создать свой собственный нестандартный макет и заставить его работать, вручную сконфигурировав все, и создав из него archetype, но такой вид поражает цель единственного способа сделать что-то с такой инструмент, как Maven.