Лучше всего, если у вас есть другая база данных, которая действует как хранилище данных, в которое вы копируете содержимое базы данных вашего приложения. После этого вы не обрезаете все таблицы, вы просто используете DELETE FROM tablename - тогда ваши auto_increments не будут сброшены.
Это уродливое решение - экспортировать что-то, затем обрезать базу данных, а затем ожидать, что импорт будет продолжаться правильно. Даже если вы решите проблему конфликтующих автоматических приращений (есть оператор ON DUPLICATE KEY, который позволяет вам что-то делать в случае сбоя ограничения уникального ключа), ничто не гарантирует сохранения отношений между таблицами (внешними ключами).
Это широкая тема, и данное решение является быстрым и не очень приятным, некоторые другие люди, вероятно, предложат другие методы, но если вы делаете это для разгрузки базы данных, используемой вашим приложением, - это плохой дизайн. Попробуйте использовать поддержку секционирования Google MySQL, если вы хотите повысить производительность с большим объемом данных.