если вы можете полагаться на файловую систему NTFS, вы можете пометить все свои папки альтернативным потоком данных, проверяя, присутствует ли такой поток при чтении списка ... просто идея
// редактировать
если вам нужен какой-то тег, который может создать только ваше приложение .... поместите файл / альтернативный поток данных в папку, содержащую его путь, и код аутентификации сообщения (например, hmacMD5 или что-то в этом роде)