Да, вы можете прекомпилировать с помощью Ngen.exe, однако это не снимает зависимость от CLR.
Вы по-прежнему должны также отправлять сборки IL, единственное преимущество Ngen в том, что ваше приложение может запускаться без вызова JIT, так что вы получаете действительно быстрое время запуска.
Согласно CLR Via C #:
Кроме того, сборки, предварительно скомпилированные с использованием
Ngen обычно медленнее, чем JIT
сборки, потому что JIT-компилятор
можно оптимизировать до целевой машины
(32-битный? 64-битный? Специальные регистры?
и т.д.), в то время как NGEN будет просто производить
базовый сборник.
EDIT:
Существует некоторая дискуссия по поводу вышеуказанной информации от CLR через C #, поскольку некоторые говорят, что вам необходимо запускать Ngen на целевой машине только в процессе установки.