Tomcat 6.0 не является контейнером EJB. EJB - довольно сложная тема. Не спешите в это. С сервлетами вы можете проделать длинный путь без необходимости в контейнерах EJB или EJB.
Если вам нужно больше сервисов для работы с вашим приложением, обратите внимание на Spring, который предлагает (почти) все, что предлагает контейнер с поддержкой EJB, и позволяет вашим программам работать на Tomcat 6.
Также Java немного многословен, чтобы использовать блокнот для нетривиальных проектов. Вы можете рассмотреть возможность обновления до среды, которая обеспечивает лучшую поддержку. Я неравнодушен к IntelliJ, но netbeans и eclipse тоже хороши для такого развития событий.
Если вам нравится придерживаться блокнота, вы можете взглянуть на Грааля. Он предлагает все сервисы, но использует Groovy в качестве языка программирования, что делает его намного более компактным, позволяя разрабатывать веб-приложения на основе JVM с использованием скудного редактора.