Вам нужно объединить символ \n
внутри содержимого и экранирование продолжения строки (\<eol>
в конце строки), чтобы получить многострочное свойство, фактически представленное в файле свойств и в возвращаемом значении:
KEY1=first line\n\
second line\n\
last line
KEY2=another key
Не уверен, что конфигурация commons может быть настроена для фактического использования этого синтаксиса для записи.