Может быть реализовано одно из следующих решений:
1) Напишите плагин, который предоставляет собственный алгоритм слияния, который игнорирует такие различия, используя крюк слияния . Каждая установка, которая выполняет слияние, нуждается в плагине, который делает это. Я могу предоставить больше советов о том, как это сделать, если вы заинтересованы.
2) Напишите плагин, который использует фильтр содержимого для удаления лишних пустых строк при фиксации. Не совсем то, что вы хотите.