Вы хотите отредактировать файл, используя скрипт php, выполненный в командной строке, или вы собираетесь использовать командную строку для редактирования командной строки (используя интерактивную оболочку)?
если вы пытаетесь отредактировать файл с помощью вашего php-скрипта, вам придется использовать команды fopen, fwrite, а также предоставить доступ к файлу для вашего скрипта, тогда вы, вероятно, столкнетесь с большой безопасностью вопросы и т. д. В итоге, это более чем быстрый ответ, который может быть дан вам здесь.
если вы используете интерактивную оболочку, то vi и emacs - отличные редакторы, но это очень сложно, если вы никогда не использовали их раньше. Pico и Nano более дружелюбны для тех, кто не знаком с редакторами CL.