У меня была такая же проблема, обычно с удаленными пакетами, которые удалили файлы внутри. Я не знаю, почему это происходит, но для меня это работает так:
- Сначала зафиксируйте удаление файла.
- Переопределить и обновить пакеты
- Удалить пакеты
- Подтвердить удаление пакета
PS: лично я не делаю версии автоматически сгенерированных ресурсов Android SDK (так как они автоматически сгенерированы ...). Я предлагаю вам игнорировать автоматически сгенерированные классы, папки и пакеты Android.