Почему бы вам не пойти с опцией пользовательских действий.Создайте метод в C # или другом и затем вызывайте его после 'InstallFinalize'.
Пример:
[CustomAction]
public static ActionResult RemoveConfigs(Session session)
{
string configfiles = "\"" + session["INSTALLDIR"].ToString() + "*.config\"" ;
System.Diagnostics.Process.Start("cmd.exe", "/C del " + configfiles);
return ActionResult.Success;
}
В CustomAction.wxs добавьте
<Custom Action="ZA_RemoveConfigs" After="InstallFinalize">NOT INSTALLED AND NOT REMOVE</Custom>