Я думаю, что это тот же аргумент, что и при рассмотрении шифрования строк подключения вне Windows Azure, то есть - у кого есть доступ к коробке.
Я разговаривал с организациями, у которых было несколько человек с доступом к коробке, которая позволяла бы им видеть web.config и извлекать учетные данные для баз данных, в местах, где вы не хотите, чтобы системные администраторы / разработчики / и т.д. доступ к вашей базе данных, это имеет смысл.
Если вы единственный, у кого есть доступ к экземпляру, или если это не ваше дело, вам не нужно об этом беспокоиться