Из вашего описания я предполагаю, что один из клиентов написан на Java (JMS), а другой - на другом языке, и оба имеют доступ к одной и той же очереди. MQ-Series - это продукт организации очередей, JMS - это API Java (как JDBC для реляционных баз данных). MQ-Series поддерживает JMS API, поэтому в обмене сообщениями проблем нет. JMS, вероятно, будет подмножеством возможных функций MQ-Series.
Убедитесь, что содержание может быть истолковано обеими сторонами. Стандартный способ - использовать XML в сообщении. Но вы можете использовать любой другой формат, понятный обоим клиентам. Вы также можете использовать CSV (значения, разделенные запятыми), JSON (нотация объектов JavaScript) и даже существуют кроссплатформенные двоичные форматы, такие как Hessian.
Но если бы вы могли более конкретно рассказать об участниках и о том, какую информацию вы хотите сообщить, вы, вероятно, получите более конкретные ответы.