Если вашему приложению требуется .NET 3.5, то на вашем компьютере пользователя его нужно будет установить.
Однако, поскольку вы используете Visual Studio 2008, вы можете настроить свой проект на более низкую версию Framework,например, 2.0, который ваши пользователи могли установить.Очевидно, что если вы сделаете это, ваше приложение не сможет использовать более поздние возможности Framework (например, LINQ, если вы нацелены на .NET 2.0).