Жизненный цикл активности таков, что если активность теряет фокус, вызывается ее метод onPause, если вы этого не хотите, и все же хотите потерять фокус из макета активности, иметь относительный макет, имеющий родительскую ширину и высоту, в один из них имеет макет вашей активности, а другой фон макета прозрачен, добавьте ProgressBar во второй макет. установить видимость второго макета ушел изначально. и установите видимым или пропавшим, когда вы хотите отобразить или закрыть диалоговое окно.